结构生物化学实验室

王亮:《Cell Research》论文背后的故事


日期:2022-04-25     浏览:1744次

背景介绍

2022118日,《Cell Research》在线发表了中国科学技术大学生命科学与医学部陈宇星教授和周丛照教授课题组题为“Structures of human bile acid exporter ABCB11 reveal a transport mechanism facilitated by two tandem substrate-binding pockets”的研究工作。该研究利用单颗粒冷冻电镜技术解析了一系列人类胆汁酸外排蛋白ABCB11与其生理底物牛磺胆酸钠的复合物的三维结构,发现该蛋白内部存在两个串联的底物结合口袋,借助一系列生化实验阐明了ABCB11特异性外排胆汁酸的分子机制。该研究成果不仅有助于我们深入理解胆汁酸的转运机制,同时也为胆汁淤积症等疾病的治疗干预和药物设计提供了结构基础。生命科学学院博士生王亮和特任副研究员侯文韬为该论文的共同第一作者。

 

一篇科研论文的发表,呈现在大众面前的,是解锁新密码一般的成果。或许我们读懂了字里行间所表达的意思、看懂了图表里清晰的数据信息,但很多科研领域的萌新依旧迷茫,开题迟迟未定。即使已经做了几年科研好不容易写好的论文,也会面临投稿被退、被拒。科研工作者不仅要专注于实验,还要学会如何展示自己的结果。当然,科研没有我们想象当中的那么枯燥,每位科研人员在实验进程、文章撰写、投稿过程中都会发生一些属于他们的独特科研故事!今天我们邀请到生命科学学院陈宇星教授和周丛照教授课题组的王亮博士,和我们谈谈他五年的研究生生活以及发表CR背后的故事。



 

第一作者访谈:首先,祝贺你的一作文章发表于1月份的Cell Research上!在CR发文章有什么感受?当初是怎么想到投这个期刊呢?接收的原因有哪些?

王亮:

其实在2020年我已经发表过一篇CR,这是我的第二篇,所以那种激动的心情也没有最开始那么强烈了。Cell research这几年做得越来越好,投稿的难度也相对更大了些,CR是国产的杂志,属于nature旗下,质量很高的杂志。这篇文章其实和我的第一篇文章有一定的关联,在第一篇文章中我提出了一些问题,我想在同样的杂志上把这些问题解释清楚,也希望这两篇文章能说一个完整的故事。

至于杂志接收,我觉得关键的就是我们关注于一个科学问题的某一点,而没有太过于发散,把它说清楚,并且有一两个亮点(highlight),应该就会是一篇不错的文章。一般情况下我们拿到实验数据会产生很多想法,并做一些推测。我的经验是所见即所得,在此基础上做一些合理性的推测,并且围绕一两点进一步用实验验证就足够了。

 

第一作者访谈:投稿过程是否顺利?遇到过哪些问题?

王亮:

CR的过程还算比较顺利,其实在CR之前,我们也投过其他期刊并送审,并补充了一些实验,因此也耽搁了一些时间。我们在选择CR时,前面已经改了很多次,补充了一些数据,所以审稿人拿到稿件的时候基本上没有什么大问题了,因为之前我们都已经回答了。当然审稿人员还会反馈给你一些问题,一些问题需要用实验回答,也有一些问题可以和审稿人员讨论,去说明我们认为已经合理的点,一般不需要补做实验。

 

第一作者访谈:从投稿到接收经历了多长时间?这个课题花了多长时间?

王亮:

CR从投稿到接收大概有四五个月的时间。这个课题我是从2017年年底开始做,当时还是研究生二年级,一直到博士毕业都在做这个课题,大概有四年多的时间。

 

第一作者访谈;论文是自己写的么,修改过多少版本?

王亮:

文章是我和侯文韬(共一作)写的,后面由陈宇星和周丛照两位导师修改,大家也经过多次讨论共同解决存在的问题。

 

第一作者访谈:如何回复审稿人的质疑?

王亮:

投稿出去之后,其实就是等待结果被承认或被质疑的过程。如果有人对你目前的的实验结果有质疑,通常都是需要去补实验再次验证它。举一个例子:当时我们在投CR的时候,就有一个审稿人提出了这样的问题----你们做了很多蛋白质点突变,那这些突变如何保证它不影响蛋白的正确折叠?还是说这个突变本身就会对蛋白质有影响?所以我们也用实验告诉他,做突变后的蛋白功能与稳定性依然存在,所以回复质疑的最好办法就是用合理的实验来加以验证和补充。

 

第一作者访谈:写论文过程有哪些心得?

王亮:

对于结构方面论文的撰写,我个人认为是看你拿到什么样的结果,要说一个什么样的故事。根据你的故事去作图,围绕图来说话,最后加上对整个课题的总结,整篇文章就比较完整。所以图片是比较关键的,培养会看图说话和讲一个完整故事的能力很重要啦

 

第一作者访谈:当时是怎么确定自己的课题的?

王亮:

当时刚进实验室时,从事的是膜蛋白相关的研究。后面陈宇星老师想深入研究与人类疾病相关的一些膜蛋白。我和另外的一位同学应该是实验室最早做人类疾病相关膜蛋白结构研究的,所以大方向是导师确定的。

 

第一作者访谈:在这几年对科研有什么感悟?

王亮:

关于科研,我觉得结构生物学还是很有意思的,当你看到结构的那一刻,你就是世界上第一个看见它的人,那是一件很值得兴奋的事,同时也会激发你继续探索它的动力,如它的分子机制是什么?它是如何工作的?等。我们的工作和人类疾病息息相关,所以这项研究是非常有意义的。

 

第一作者访谈:在做结构之前,是否还做过其他方面的研究?

王亮:

我一直以来都在做结构方面的研究,并没有做过其他方面的工作。但其实我对免疫这方面还是挺感兴趣的,不知道未来有没有机会做这方面的工作。另外现在神经领域内还存在很多未知的结构,可以通过结构生物学来解析。

 

第一作者访谈:对于学习和生活方面的规划,能给研究生提供一些建议吗?

王亮:

研究生生涯看上去挺长的,当你沉浸其中,其实你会发现时间很短暂,所以希望大家还是要抓紧时间,去做更多更有意义的事情。

 

第一作者访谈:对研究生生活有什么体会?

王亮:

研究生生活相对来说会比较单调,我们应该要学会在单调的生活中创造一些乐趣,抽空去释放自己。大家的课题都有做得不顺利的时候,可以约上好朋友出去放松一下,爬爬大蜀山;在实验室多认识几个朋友,不要太孤僻,平时大家也可以吐槽一下课题存在的问题,或者对一些科学问题进行深入交流,这样也会让自己更加适应实验室氛围,更有归属感。

 

第一作者访谈:能跟我们分享一些文献阅读的方法吗?

王亮:

在这方面我其实没有特别好的经验,但我见过一些很高效也很值得学习的方法。首先你要根据自己的课题方向去阅读文献,每次在读完文献后可以用PPT或者云笔记的方式,记录重要的信息,也便于把自己的想法展示出来。后面在写自己课题背景介绍的时候会相对简单,因为我们已经熟悉了文献内容以及文献的来源,如此也为自己节省了很多时间和精力。

 

第一作者访谈:能谈一谈你眼中的导师吗?

王亮:

在科研问题上,陈宇星老师是一个敢于去尝试和挑战的人。陈老师在各方面都很关心我们,生活上就像朋友一样和大家相处;工作上老师会跟大家交流分享,指导我们的实验,平时也会给我们分享很多课题相关的文献。我们实验室的氛围虽然不敢说是最好的,但也一定是相当不错的,我感觉大家的气氛还是很活跃的,同学之间相互交流探讨,互相帮助,大家相处都很融洽。

 

 

供稿:生命科学学院本科生第二党支部     采访人:李丽雅